Der 2008 neu gegründete Hauptstandort Berlin ist im Technologie und Gründerzentrum Spreeknie (TGS) angesiedelt. Im Haus 4 des Zentrums in der Ostendstraße 25 in Berlin-Oberschöneweide werden Forschung, Engineering und Fertigung durchgeführt. Seit 2009 verfügt die SECOPTA dort über erweiterte Möglichkeiten zur Fertigung von Prototypen optischer Sensorsysteme.

Standorte der SECOPTA: Hauptstandort Berlin (links), Außenstelle Wildau (rechts).

Im Oktober 2010 wurde die neue Außenstelle der SECOPTA im Zentrum für Luft- und Raumfahrt Schönefelder Kreuz (ZLuR) bezogen. Die Nähe zu den dort und im benachbarten Technologie- und Gründerzentrum TGZ Wildau angesiedelten Unternehmen ermöglicht den Ausbau von Kontakten im Sicherheitsbereich.
Die Zusammenarbeit mit der in Goslar ansässigen Außenstelle des Fraunhofer Instituts für Nachrichtentechnik (Heinrich Hertz Institut) sowie dem LaserAnwendungsCentrum (LAC) der TU Clausthal wird hinsichtlich der Anwendung innovativer laserspektroskopischer Technologien in neuen SECOPTA-Produkten fortgesetzt.